实验室建设是科学建设和高素质应用型人才培养的重要内容，合肥学院和化工系领导均高度重视实验室建设。特别是2003年三校合并以来，在省、市地方政府的大力支持下，学校加大实验室建设和投入力度，新建和扩建了部分实验室，实验室规模和档次显著提高，管理制度逐步完善。

实验室按所设方向分为：粉体工程、能原材料与工程。其中粉体工程下设化工（动量、质量、热量）传递实验室、化工过程控制实验室、材料物性实验室、粉体性能与制备实验室、粉体工艺实验室、粉体制备实验室；能源材料工程下设有材料工程中心、材料电磁学性能实验室、材料热性能实验室，同时设立3D打印技术创客实验室，石墨烯创客实验室。另根据各专业需要设立公共仪器分析平台，下设X光衍射仪实验室、热重分析仪实验室、原子吸收光谱实验室、气象色谱实验室、高校液相色谱实验室、FL，UV，IR，721实验室、气相色谱——质谱实验室、分析天平室：同时设立学生创新能力综合实验室、综合训练实验室、化工与材料综合实验室等综合性实验室。目前实验室面积约2000平方米；万元以上仪器设备合计118台（套）；仪器设备值合计782万元。