组织部是党委的主要职能部门。其职责是：
1、研究新时期党的组织工作的方针、政策，结合学校的实际情况提出实施的工作方案。
2、落实并完善《合肥学院基层党组织目标管理暂行办法》，指导总支搞好基层组织的建设，并按照党章规定做好总支、直属支部的换届选举工作，负责先进党总支、先进党支部、优秀党员、模范党务工作者的评选工作。
3、承担学院思想政治教育研究会党建专项研究会的工作。
4、负责党内民主生活会和民主评议党员工作，检查督促总支、直属支部贯彻执行民主集中制和组织生活制度的情况。
5、负责党员的发展、教育、管理、奖惩及党内统计工作，定期分析党组织和党员的状况，协同党委宣传部搞好党员教育。
6、负责全院处科级干部的培养、选拔、考察、任免和年度考核、任期考核以及后备干部队伍建设。
7、负责干部履历表的审核、处级领导干部个人重大事项和收入申报工作。
8、贯彻落实人才工作方针、政策，组织协调有关部门共同开展全院人才工作。
9、负责党费的收缴、使用和管理。
10、负责学院党校的日常工作，指导分党校开展开展工作。
11、管理、指导退（离）休干部宏观管理工作。
12、协助外事处做好管理权限内出国（境）人员的审查工作。
13、负责外调的接待工作，受理党员、干部的来信来访。
14、承担上级和院党委交办的其他工作。