安徽省大学生创新创业教育办公室是依据“安徽省教育厅关于下达‘安徽省高等教育振兴计划项目评估和质量监控’‘安徽省大学生学科和技能竞赛项目组织实施和管理’项目的通知（皖教秘高[2015]8号）”文件要求设立，该文件明确“安徽省大学生学科和技能竞赛项目组织实施和管理”项目自2015年开始实施，主要负责全省大学生创新创业训练计划项目相关工作和全省高校大学生学科和技能竞赛项目组织实施和管理工作，并开展相关研究工作。为明确办公室的设立，安徽省教育厅于2016年下发“安徽省教育厅关于进一步加强大学生学科和技能竞赛项目管理的意见（皖教高[2016]3号）”及安徽省教育厅于2020年下发“安徽省教育厅关于进一步规范大学生学科和技能竞赛管理的意见（皖教秘高[2020]67号）”均说明“安徽省大学生创新创业教育办公室设在合肥学院”。

    安徽省大学生创新创业教育办公室目前与合肥学院创新创业教育处合署办公，并设立安徽省大学生创新创业教育办公室秘书科（与创新创业教育科合署办公），其主要工作职责是协同教育厅高教处负责安徽省创新创业教育工作相关制度的制定和实施、承担由教育厅高教处牵头组织的创新创业教育各项活动开展、负责教育厅高教处参与的各项创新创业项目和创业大赛的项目评审、负责对全省学科和技能竞赛的巡视工作、负责开展对全省高校创新创业教育师资培训和交流工作、负责安徽省“互联网+”大学生创新创业大赛组织实施工作、负责安徽省省级大学生创新创业训练计划组织管理工作等。