2012年我校环境工程专业被国务院学位委员会批准为首批服务国家特殊需求的硕士专业学位研究生试点招生专业（我校第一个硕士点），2018年获批工程领域（环境）专业硕士授予权，2019年调整为资源与环境领域专业硕士学位授权点。2022年，我校环境科学与工程获批安徽省高校应用型高峰培育学科。本学位点立足“地方性、应用型、国际化”办学定位，利用德国合作优势，结合区域经济发展需求，与中国科学院过程工程研究所、中国科学院合肥物质研究院、德国欧绿保集团、德国罗斯托克大学、哥廷根应用科技大学、韩国仁川大学等单位进行深度产教融合和联合培养人才，培养具有国际视野、能够独立从事资源与环境领域技术创新、污染防治与综合利用的应用型、复合型高层次环境工程技术和项目管理人才。2012年~2023年共招收硕士生447名，毕业生292人，就业率100%，培养的毕业生在环保行业已成为技术骨干，整体就业质量高。
本专业硕士学位点设有固体弃物处理处置与资源化、生态环境治理与修复、水污染控制与水资源可持续利用技术、大气污染控制技术4个培养方向。制定了一系列人才培养保障制度和鼓励措施，成立了教学督导组，建立了论文开题、中期考核、评审、预答辩和答辩的全程质量控制体系。近年在研究生培养方面分别获得安徽省教学成果特等奖、一等奖、二等奖、三等奖各1项，资源与环境学位点获安徽省特色学位点建设项目，生物与环境研究生导师团队获安徽省优秀研究生导师团队。现有校内专职教师43人，校外指导教师90人；校内专职教师中，硕士生导师47人，教授27人，副教授12人，具有博士学位的34人，安徽省高校学科带头人1 人，安徽省教学名师5人、安徽省杰出青年基金获得者1人、安徽省“特支计划”A类创新人才1人，安徽省优秀青年基金获得者1人、安徽省青年拔尖人才1人、安徽省优秀青年研究生导师1人等。
近年承担横、纵向项目100余项，其中省部级以上基金51项，5年科研经费达2100余万元；近五年发表文章190余篇，国家科学技术进步奖2项，安徽省科学技术奖5项。实验室面积约3000m2、设备资产总值约3000万元，拥有4个省级工程技术研究中心，1个研究院-合肥环境工程研究院；1个院士工作站，1个博士后工作站，1个中德合作环境技术转化中心；共建国家和省级重点实验室各1个（大气环境污染监测先进技术与装备国家工程实验室、污水净化与生态修复材料安徽省重点实验室）等产学研合作平台。
