生物食品与环境学院共设置教学及科研实验室65间，（含53号楼生物增材安徽省教育厅重点实验室和43号楼环境研究院实验室），现有3个省级实验室（实训中心）：污水净化与生态修复材料实验实训中心，生物工程与技术虚拟仿真实验教学中心，发酵工程及应用实训（实验）中心和2个院级重点实验室：发酵工艺开发与应用实验室和应用酶学与工程实验室。34号楼一楼主要为工程类实验室：发酵工程实验室、固废处理工程实验室、水处理工程实验室、啤酒生产实训中心、四大名点实验室等实验室；四楼主要为公共平台实验室（如培养室、灭菌室、菌种室等）和专业实验室（基因工程实验室、食品生物技术实验室、酶工程实验室等）以及连廊上的分析测试实验室；五楼为环境工程专业实验室和食品类专业实验室以及教师科研平台和分析测试室等。总使用面积约6000m²。承担生物食品与环境学院生物工程、环境工程、食品科学与工程、食品质量与安全本科专业的专业基础和专业实验课程，并为大学生创新创业、挑战杯、第二课堂等提供支持。实验室拥有原子分光光度计、高效液相-质谱联用仪、气相色谱仪、TOC测定仪、元素分析仪、红外分光光度计、高效液相色谱仪、蛋白质纯化仪等精密仪器及一般仪器5000多台套，仪器总价值近8000万元。实验室拥有专职管理人员12人，其中高级实验师4人。另有教师兼职管理人员13人。

    实验中心还承担全院研究生实验教学任务，300余本科硕士生毕业论文及全院教师的教科研任务。

实验室先后承担了国家自然科学基金项目；中国科学院海洋实验生物开放实验室研究项目；国家863项目子课题；国家水专项子课题；安徽省科技厅自然科学基金项目，安徽省科技厅攻关项目；安徽省教育厅自然科学项目。获安徽省教育厅科技进步奖，安徽省自然科学奖，安徽省教育厅优秀科技成果等多项奖项。