高等教育研究所依托教育学院深厚的师范教育基础、应用型人才培养特色以及学校中德教育合作示范基地的国际化平台，致力于建设成为国内具有显著影响力的应用型高等教育理论研究、政策咨询与实践创新中心。研究所立足合肥大学“地方性、应用型、国际化”办学定位，聚焦应用型高等教育的理论探索、政策分析与实践创新，主要开展应用型高等学校转型发展、应用型人才培养模式研究，推动产教融合的制度创新与实践路径探索，促进国际比较视野下的应用型高等教育本土化发展。国绕合肥大学“国内一流、国际有影响的高水平应用型大学”建设目标，致力建成安徽省应用型高等教育研究特色新型智库、全国“双元制”高等教育研究与实践示范中心、国际应用型高等教育研究交流与合作重要平台。